FileZilla Server, gelişmiş özellikler dizisi ile guçlu FTP sunucudur. Yazılım, bu sunucuyu yöneten uzaktan erişimi destekleyen bir sistem hizmeti ve uygulaması olarak çalışan bir sunucu içerir. FileZilla Server, RTP, SFTP ve FTPS protokoller destekler ve SSL şifreleme nedeniyle güvenilir veri koruma seviyesi sağlar. FileZilla Server, sunucudaki kullanıcı erişimini kısıtlamanıza, sunucudan gelen indirme işlemlerini veya dahili IP adreslerini engellemenize, aktarılan dosyaların sıkıştırma oranını ayarlamanıza, maksimum indirme hızını sınırlamanıza izin verir. FileZilla Server, FTP sunucusundaki etkinliğin istatistiklerini gerçek zamanlı olarak toplar; bu, halen dosya indirmekte olan veya yasadışı eylemler yapan kullanıcıları tespit etmeyi sağlar.